Quando richiese il permesso di tornare a Firenze (da Roma) per ricevere trattamenti medici, l'Inquisizione aveva replicato: Il Santissimo rifiuta di aderire alla richiesta ed ordina che il predetto gentiluomo debba essere avvertito di desistere dall'inviare suppliche o verrà nuovamente rinchiuso nelle galere del Sant'Uffizio" . La cosa aveva ferito particolarmente Galileo perché aveva sempre considerato il papa con amicizia e perché la risposta gli era arrivata lo stesso giorno in cui sua figlia, trentatreenne, moriva di melanconia e dispiacere per la disgraziata sorte del padre.
L'essere di nuovo nella sua casa di campagna "Il Gioiello", poter vedere (sentire, perché era ormai cieco) Firenze, immaginarla, era comunque una grande gioia che lo spingeva di nuovo a dettare opere di scienza al suo secretario.

Galileo era nato nell'anno in cui Michelangelo moriva, il 1564. Cominciò l'Università come studente di medicina, ma subito fu preso dalla matematica pura ed applicata. Inventò anche uno strumento per trovare il centro di gravità dei corpi.
Nel 1589 divenne professore di matematica a Pisa, dove però continuava a lemntarsi delle condizioni di lavoro e del salario. Si dice ripetesse:"Più inutili erano i professori, più alti erano i loro salari". Passò a Padova, dove lo pagavano meglio ma fu comunque costretto a dare sempre lezioni private.Intorno al 1610 cominciò la sua fama internazionale, quando inventò, in sostanza , il cannocchiale (ne aveva avuto già notizia in relazione agli occhiali inventati dall'olandese). La pratica applicazione dell'invenzione al settore militare , con la donazione pubblica dello stesso strumento al Doge di Venezia, di fronte al Senato, comportò per Galileo un incarico a vita come professore ed il raddoppio del suo salario.(un fortunato anche se strano premio, visto che non esistevano i brevetti e quindi nel giro di un paio d'anni tutti quanti disponevano dello stesso strumento)

La sua mossa seguente fu di rivolgere il cannocchiale verso il cielo e cambiare la faccia della scienza, scoprendo che gli scienziati erano stati in errore per duemila anni. Malgrado la notevole chiarezza della sua esposizione l'ineluttabilità delle indicazioni strumentali da lui fornite le resistenze degli aristotelici furono sempre cieche e limitate.
Il Nuncius Sidereus, che pubblicò nel 1610 (Galileo aveva già avuto rapporti con Keplero e concordava a grandi linee con le ipotesi Copernicane) fu un grande successo. Gli amici clerici (ne aveva molti , come il matematico Clavio, gli suggerirono di visitare Roma dove incontro il Cardinal Bellarmino ed il Cardinal Barberini (che poi sarebbe divenuto papa con il nome di Urbano VIII e che parteggiò a suo favore nella disputa che si svolse a Firenze nel 1511, relativa ai galleggianti), che furono entrambi amichevoli verso di lui. Entrambi lo avvisarono di esprimere le sue tesi come "ipotesi", per evitare rogne con i teologi. Fu persino fatto membro della prestigiosa accademia dei Lincei, che per prima denominò l'invenzione galileiana con il nome di "telescopio".
Tornò a Firenze convinto di avere amici a Roma e cominciò ad esporsi sia scrivendo in italiano sia ponendo questione in ordine all'ipossibilità di conciliare scienza e rivelazione, sistema copernicano e bibbia, etc. etc. Il vescovo di Fiesole, scandalizzatissimo, diede subito ordine di imprigionare il monaco Copernico, che, per fortuna, era già morto da una settantina d'anni. Recatosi a Roma per difendere le sue tesi, si rese presto conto che non disponeva di molte difese, contro l'idiozia teologica. Paolo V, allora papa, passò il caso di Galileo alla Congregazione dell'Indice che, nel marzo del 1616, decise respingere come eretiche le tesi copernicane. Galileo fu avvisato da Bellarmino della necessità di abbandonare le sue opinioni fallaci. Non poteva insegnarle, parlarne, discuterne. Galileo sulle prime accettò l'ordine chiedendo però una lettera di Bellarmino, che il cardinale gli scrisse in data 26 maggio 1616. La lettera, così come è descritta, pare gli impedisse soltanto di propagare "come vere" le sue tesi copernicane.
Per inciso Copernico fu messo all'Indice dove rimase fino al 1822.

Galileo si mise tranquillo e , nel 1623 lo stesso anno dell'elezione papale di Matteo Barberini con il nome di Urbano VIII, scrisse "Il Saggiatore" che dedicò al pontefice. Recatosi a Roma per omaggiare il papa, Galileo ne trasse solo la convinzione dell'assurdità delle tesi clericali. I commenti papali, ricevuti in persona ed amichevolmente nel corso di colloqui privati, pur con tutto il rispetto, gli sembrarono folli. Urbano VIII, per sua buona sorte, era già preso dai suoi progetti di rinnovamento architettonico che lo portarono a cannibalizzare il Colosseo, la colonnata del Bernini ed il baldacchino sotto il duomo di Michelangelo. I Romani dicevano ferocemente:"quello che i barbari non hanno fatto, lo fece il Barberini". L'intera operazione di ristrutturazione architettonica lo portò a trascurare temporaneamente Galileo.

Dopo varie altre opere Galileo scrisse "Il Sistema del Mondo" nel 1630, che inviò subito a Roma per ricevere l'Imprimatur papale. Si recò poi anch'esso a Roma , dove il papa lo ricevette con calore, enfatizzando però la necessità di esporre le sue opinioni in maniera ipotetica e proponendogli di intitolare il libro "Dialoghi dei due massimi sistemi". Il papa gli promise anche di scrivere un prefazio personalmente. I censori . al ricevimento della copia a loro destinata, rimasero disturbati dal contenuto, ma, vista l'approvazione papale, lasciarono perdere la faccenda.

Il libro fu pubblicato in Firenze nel 1632 e creò sensazione. Nel dialogo le tesi aristoteliche erano sostenute dal personaggio di Simplicius, mezzo scemo le cui idee corrispondevano esattamente a quelle del papa. Urbano si incazzò come una bestia ed ordinò a Galileo, allora settantenne e malato, di recarsi a Roma immediatamente, di sua volontà oppure in catene. Ingenuamente Galileo credeva di poter usufruire della difesa costituita dalla lettera ricevuta nel 1616 dal cardinal Bellarmino, cosa che non avvenne. Dopo varie sedute processuali Galileo (trovando anche un accordo in ordine ad alcune accuse) accettò di confessare il suo errore.
Con Copernico all'Indice e Galileo condannato dall'Inquisizione gli astronomi cattolici dovevano ora scegliere se essere buoni cattolici o buoni scienziati.
L'idiota contraddizione tra immobilità della Terra (biblica) e sistema copernicano, il contrasto tra dottrina cattolica e scienza non poteva risolversi, alla lunga, che con il trionfo di quella che normalmente viene definità "verità" o "ipotesi funzionale ad alta probabilità".
La legge di gravitazione di Newton del 1686 rese impossibile credere che l'enorme Sole girasse intorno alla piccola Terra e le osservazioni di Bradley del 1725 confermarono definitivamente le ipotesi di Copernico (Keplero) e Galileo.

Roma rifiutò di pubblicare i documenti dell'affare Galileo. Una parte di essi sparirono quando gli Archivi Vaticani vennero trasportati a Parigi da Napoleone. All'ipotesi di qualcuno che lo scienziato fosse anche stato torturato, parte delle carte riapparirono immediatamente e furono rese pubbliche, fornendo prova che tortura fisica non vi era sicuramente stata. Galileo morì nel 1642, dopo otto anni di arresti domiciliari,ed il papa, che con lui non aveva ancora finito, impedì anche al Granduca di Firenze di erigere un monumento sulla sua tomba , nella Chiesa di Santa Croce. Urbano VIII, fallace in quasi tutto, ebbe ragione solo nella motivazione che fornì per rifiutare a Galileo esequie decenti: Galileo, con i suoi peccati, aveva dato vita e forma al "più grande scandalo della Cristianità".